В то время как лев Алекс и его друзья пытаются сбежать из Африки, куда ранее так хотели попасть, их знакомые, пингвины Ковальски, Шкипер, Рико и Рядовой, вернувшиеся в родной зоопарк Центрального парка Нью-Йорка, выполняют различные военизированные миссии с целью защитить свой дом. В большинстве случаев главным героям приходится противостоять хвастливому королю лемуров Джулиану XIII, Морису и Морту, попавшим из Мадагаскара в зоопарк, а также секретным агентам и другим животным-злодеям, включая канализационную крысу, красную белку и безумного ученого-дельфина.